機械式冷藏集裝箱的散熱每個冷藏集裝箱的散熱量會受許多因素影響，例如工作模式、箱內外溫度、貨物種類等。通常冷藏集裝箱的最大散熱量都可以從生產廠家的技術說明中得出，其計算式如下：

冷藏集裝箱的散熱量=制冷量+壓縮機功耗

當冷藏集裝箱裝載在船舶甲板上時，散熱不會有任何問題。隨著單船冷藏集裝箱裝載量的不斷增加，必然有一定數量的冷藏集裝箱裝載在甲板下方的船舶貨艙中。為保持冷藏集裝箱的正常工作，其散熱必須及時排出貨艙。

直接風冷采用直接風冷就是直接將周圍環境空氣用風機進行通風冷卻，如圖5-l3所示。通常每個冷藏集裝箱所需風量按60m'/min計算。