清洗管的布置應保證箱、阱內所有零件表面都能徹底清洗干凈。例如，凍干箱中一般在其四角豎直安設清洗水管，以能清洗箱壁、箱門、擱板和其他箱內零件。在水管上布置噴嘴時，其頂部安裝球形噴頭。清洗泵起動后，噴嘴前的水壓超過1.5MPa，清洗水呈霧狀噴出，清洗各噴嘴所負責的零部件表面。與此同時，擱板作上、下運動，以便將擱板所有表面徹底清洗。清洗完后，殘水由箱底匯集從排水管排出。

一般來說清洗水不重復使用，因為循環清洗有造成全面污染的可能。若分粗洗、精洗兩次清洗，則粗洗可用循環水，但其水罐必須與精洗的水罐分開，且精洗不得用循環水。為了節約設備投資，幾臺凍干機可共用一套清洗系統，圖74所示的為兩臺凍干機

共用一套CIP的系統圖，其清洗步驟如下：先向罐1注滿去離子水，啟動泵2對凍干機進行噴淋，考慮到箱內可能有粗的固體顆粒，打開箱體直排閥排掉清洗完的水。當泵2出口處的流量探頭感應到沒有水時，切斷泵2.再次向罐1注滿去離子水，啟動泵2，隨后，啟動泵1進行循環清洗。一段時間后關閉泵1，打開箱體直排閥，排掉清洗完的水。最后向罐2注滿注射用水，啟動泵2對凍干機進行最后噴淋，同時打開箱體直接閥排掉洗完的水。考慮到無菌性，清洗罐必須設計成可滅菌的，清洗罐內還需設計高位和低位兩個液位控制開關。