冷鏈物流的存儲相關設備與常溫物流中心有相同的地方。

冷鏈物流中心內部存儲同樣需要各型貨架或自動化立體系統。國外食品類有統一的碼堆標準，不允許直接把食品堆疊在地面，必須使用塑料托盤盛裝，用貨架存儲。從自動倉庫使用的20多米的高位貨架到拆零揀貨使用的流力架，在冷鏈物流中心均有大量使用。與常溫貨架不同的是，低溫庫內使用的貨架對鋼材的材質、荷重、貨架的跨度設計均有特殊要求。為配合存儲，滿足生鮮食品的特殊要求，冷鏈物流中心的倉儲庫內會配置臭氧發生器、加濕器。