由于在大型超級市場中，放置在室外機房內的壓縮冷凝機組與放置在超市中的制冷櫥柜相距較遠，連接管路較長，如采用直接冷卻制冷系統，則制冷劑充灌量大，制冷劑流動中的阻力損失較大，制冷劑泄漏的可能性增加。如果外界負荷較小時或大部分制冷櫥柜內的溫度達到需要的溫度位時，制冷劑的回氣量大為減小，此時潤滑油的回油量較少，會造成壓縮機潤滑條件惡化，容易引起壓縮機發生拉缸、抱軸等事故。為了消除這些影響，在大型超級市場中可以采用間接冷卻制冷系統。

在間接冷卻制冷系統中，除了有制冷劑以外，還有一種載冷劑。制冷劑是在壓縮機、冷凝器、膨脹閥、蒸發器中流動，通過制冷劑熱力狀態的不斷變化，把從制冷櫥柜內帶出的熱量傳給冷凝器中的冷卻介質—水或空氣。而從制冷櫥柜內帶出熱量的介質不是制冷劑，而是間接冷卻系統中所特有的中間媒介，即載冷劑。載冷劑在制冷櫥柜中的流動.是無集態變化的，所以制冷櫥柜中的換熱設備稱為冷卻器。

制冷機中的蒸發器是用以冷卻載冷劑，低溫載冷劑再去冷卻被冷卻物體。載冷劑在制冷櫥柜內的冷卻器中，吸收了食品的熱量，溫度升高了的載冷劑又回到制冷機的蒸發器中去，在蒸發器中放出熱量，降溫后載冷劑又進入櫥柜內的冷卻器中，如此不斷循環。由于制冷劑只在制冷機內循環，所以制冷系統中制冷劑的充灌最小。由于制冷劑流動的距離減小，就可以減少制冷劑的流動阻力和有害過熱。

在商業制冷裝置中使用的載冷劑通常是鹽水或水，鹽水為氯化鈉或敘化鈣溶液，也可以采用有機物質如乙二醇等。載冷劑具有較大的蓄冷能力，使用冷場合的溫度波動減小。載冷劑冷卻器與制冷櫥柜內空氣的熱交換可以為自然對流或通過風機的強制對流。從制冷劑蒸發器中流出的載冷劑，則通過循環泵或攪拌器強制流入商業櫥柜中。

比較直接冷卻系統與間接冷卻系統，在制冷裝置中具有相同柜溫和冷卻水溫的條件下，由于在載冷劑間接冷卻方式中采用了中間媒介，所以制冷劑的蒸發溫度比制冷劑直接蒸發冷卻方式的蒸發溫度要低。因而載冷劑間接冷卻方式的制冷系統，櫥柜內空氣與制冷劑間總的傳熱溫差較大，制冷壓縮機所需的功率增大，同時還增加了泵和攪拌器的動力消耗以及由此產生的動力熱。間接冷卻制冷系統中，既有制冷劑管路又有載冷劑管路，因此，載冷劑間接冷卻系統比制冷劑直接冷卻系統要復雜。

對于用于制取蒸發溫度高于0℃的間接冷卻制冷系統，其制冷機可選擇制冷廠家生產的冷水機組。這種制冷機結構簡單，安裝方便，只需在安裝現場連接載冷劑—水及冷卻水管路。在超級市場中，通常間接冷卻制冷系統同時連接多臺制冷裝置，而且同樣可以連接溫度不同的裝置。制冷裝置的溫度通過溫度控制器控制。當制冷櫥柜內溫度達到規定的下限值時，該櫥柜的溫度控制器觸點閉合，控制載冷劑進口處的電磁閥，使其關閉;當櫥柜內溫度回升到規定溫度的上限值時，溫度控制器觸點接通，控制電磁閥開啟。

對于間接冷卻系統連接到幾臺溫度不同的制冷裝置時，控制各個裝置溫度的方法可以采用在裝置的載冷劑進出管路上，安裝電磁三通閥，通過混合載冷劑的溫度，來達到改變進入該裝置載冷劑的溫度，從而控制這些制冷裝置達到不同的溫度要求。

間接冷卻制冷系統也可用于超市以外的其它用冷場合的商業制冷裝置中，如棒冰機等。此時鹽水載冷劑用來冷卻冰模。